Se si guarda da lontano sembra poco più di un puntino scuro in un'immensa distesa di acqua blu; in greco il suo nome significa capra (aegilium appunto). E' poco abitata, piccola, ma se ci si avvicina ci si rende conto che è un'sola tutta da scoprire e ricca di sorprese. Nata da un plutone di magma incandescente è formata prevalentemente di granito, una roccia di origine vulcanica che si è raffreddata molto lentamente e che ha dato il tempo ai vari minerali presenti all'interno del magma di cristallizzarsi e formare legami molto solidi, da ciò la caratteristica durezza e compattezza. Il granito non si sfalda e viene eroso molto lentamente, per questo le coste del Giglio sono dolci e arrotondate. Gli Etruschi e i Romani furono tra i primi ad abitarle e i secondi furono i primi ad accorgersi che la roccia presente sull'isola era di ottima qualità. Cominciarono a cavarla e ad espostarla come materiale da costruzione in tutto il mediterraneo, tanto che gli studi più recenti fatti sui materiali da costruzione di diversi siti archeologici e artistici di diverse epoche hanno permesso di tracciare una mappa dettagliata delle vie di commercio di questo materiale: si trovano colonne in granito del Giglio in Egitto, nel duomo di pisa, nel battistero di Firenze, nella chiesa della Santa Croce di gerusalemme, nella chiesa dei Gerolomini a Napoli ed in tanti altri siti dell'antico impero romano. 
  La costa est dell'Isola è costellata di cave antiche e recenti e la più antica è quella del Foriano, aperta da giulio Cesare e sfruttata almeno fino all'Ottocento. Oggi l'esportazione del granito è stata abbandonata, ma per secoli è stata una risorsa economica importantissima per l'isola, tanto che alcuni toponimi sono ancora legati all'attività di cavatura e a quella degli scalpellini che lavoravano nelle cave: Le Colonne e Cava Grande sono solo alcuni esempi.